У истоков создания Мурманского морского рыбного порта лежат рыбацкие становища, основанные первыми поселенцами на Мурманском берегу в 16 веке.
Первое время рыбу промышляли только летом, после схода льда в Горле Белого моря. Этот период продолжался два – два с половиной месяца. Позднее для продления срока промысла рыбаки уже ранней весной стали доставлять снаряжение на Западный Мурман сушей, не дожидаясь навигации. Тогда же началось активное заселение Мурманского берега, что привело к расцвету Колы (год основания 1565), как базы рыбного промысла.
Приказом от 3 июня 1934 года по Госрыбпромтресту был образован Мурманский морской рыбный порт. Именно с этой даты начинается история порта. С тех пор прошло более 75 лет.
7 июля 1966 года порт награжден орденом Ленина.
В 1973 году порт стал первым портом в системе Минрыбхоза, перекрывшим миллионный рубеж по перегрузке рыбопродукции.
С 14 февраля 2006 года порт преобразован в акционерное общество. 100% акций предприятия находятся в собственности государства.